Информация о таких отключенных программах сохраняются в ветви реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\ Shared Tools\MSConfig в подразделах startupfolder и startupreg. В первый подраздел заносятся программы, запускаемые при помощи папки автозагрузки, а во второй - программы, запускаемые при помощи параметров реестра.
Подразделы, соответствующие отключаемым программам, которые больше не хотим видеть в MsConfig, в startupfolder и startupreg удаляем.
Аналогично можно поступить и с отключенными в MSConfig службами: информация о них хранится в подразделе services.